Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (S2) Pascasarjana IAIN Palopo telah berdiri sejak tahun 2015 berdasarkan Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI No. 1142 Tahun 2015 dengan total mahasiswa pada Angkatan pertama sebanyak 11 orang. Kebutuhan masyarakat terhadap Prodi MPI sebelum pembukaan program studi sudah sangat besar mengingat peminat terbesar dari Prodi MPI berasal dari kalangan guru dan kepala sekolah serta instansi negeri dan swasta sementara belum ada program studi serupa yang relevan yang tersedia di wilayah Luwu Raya dan sekitarnya. Seiring tahun berjalan, peminat Prodi MPI semakin meningkat hingga pada tahun 2020 ketika agak mengalami penurunan akibat Covid-19, namun kembali mengalami peningkatan pada tahun-tahun berikutnya.
Sejak didirikan pada tahun 2015 Prodi MPI belum memiliki ketua dan pengelolaannya masih terpusat pada Direktur Pascasarjana (Dr. Abbas Langaji, M.Ag., 2015 – 2016). Hingga pada tahun 2016 Prodi MPI telah dikelola oleh ketua. Setidaknya telah ada 3 orang yang telah memimpin dan mengelola Prodi MPI dari 2016 hingga sekarang:
- Dr. H. Syamsu Sanusi, M.Pd.I. (2016 – 2019)
- Dr. H. Hasbi, M.Ag. (2019 – 2023)
- Dr. Dodi Ilham Mustaring, M.Pd. (2023 – sekarang)
Seiring pergantian pimpinan dan pengelola, Prodi MPI juga telah beberapa kali melakukan pemutakhiran kurikulum yang terakhir dilaksanakan pada tahun 2021. Prodi MPI telah memastikan layanan akademik yang diberikan kepada mahasiswa dan masyarakat sesuai dengan perkembangan keilmuan, teknologi, dan kebutuhan pengguna lulusan. Gebrakan layanan akademik yang telah dilakukan di antaranya sistem pembelajaran berbasis riset, dual jalur penyelesaian tugas akhir, dan Student Support Center (SSC) sebagai wadah pengembangan dan pembimbingan mahasiswa, serta masih banyak lagi program-program unggul lainnya yang menjadi daya tarik Prodi MPI.
Untuk menunjang perkembangan mutu layanan, Prodi MPI telah berkolaborasi dengan mitra-mitra dari sektor perguruan tinggi, satuan pendidikan tingkat dasar dan menengah, pemerintah daerah, dan instansi negeri dan swasta, serta beberapa mitra perguruan tinggi tingkat internasional. Kolaborasi pada bidang pendidikan seperti kuliah umum dan seminar berskala internasional beberapa kali telah diselenggarakan. Salah satunya seminar internasional bertema The Role of Progressive Islam towards Social Changes yang diselenggarakan pada Tahun 2022 bekerjasama dengan Jamiah Islam Syeikh Daud al-Fathoni (JISDA), salah satu perguruan tinggi dari Thailand.
Perkembangan mutu Prodi MPI seiring waktu pun telah mengikuti kebijakan SNDikti. Status akreditasi Prodi MPI hingga saat ini telah berada pada kategori “BAIK” berdasarkan SK BAN-PT Nomor 4435/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/M/X/2023. Prodi MPI terus berupaya untuk meningkatkan mutu layanan pendidikan melalui program-program inovatif dalam menghasilkan lulusan yang unggul dan profesional dalam bidang manajemen pendidikan Islam